Hijo de Agustín Molina y Francisca González Bruna, Juan Ignacio Molina, cronista jesuita, nació en junio de 1740 en la villa de San Agustín de Talca, tierras de Huaraculén, cerca de Linares.
A la edad de quince años decide ingresar a la orden Jesuita. La Compañía lo traslada al Noviciado San Francisco de Borja en Santiago (hoy la Iglesia de San Vicente en la Alameda, entre las calles Lord Cochrane y Dieciocho). Luego de dos años en los claustros de rigor, a los 17 años viaja a Bucalemu para iniciar estudios de humanidades clásicas.
A los 24 años lo destinan al colegio Jesuita en Talca, iniciándose en el magisterio escolar. Su dedicación docente dura sólo un par de años, porque la Compañía convencida de su talento, lo inicia en los estudios de Teología.
El Abate quedó huérfano de padre a los siete años de edad y desde el lugar de estudios los encuentros con la familia fueron cada vez más distantes. Los brazos de la recién fundada misión jesuítica de la región del Maule fueron los elegidos para entregarle la fortaleza y carga valórica de quienes hollaban la senda trazada por San Ignacio de Loyola, Francisco Javier de Jaso y de Azpilcueta y que persiste hasta el día de hoy.
En 1757, Molina -quien ya se destacaba por sus dotes intelectuales a pesar de sus diecisiete años de edad- fue nombrado catedrático y bibliotecario de la casa grande de la Compañía de Jesús en Santiago. Su educación había sido prolija para la época, ya que dominaba varios idiomas.
En agosto de 1767, cuando aún era un "hermano estudiante" debió partir al exilio, junto a los demás miembros de la orden, expulsados por disposición de Carlos III.
A los veintisiete, Juan Ignacio junto a otros trescientos miembros de la Compañía debe abandonar Chile. El viaje del exilio fue una odisea que duró más de un año. A los pocos meses de llegado a España, los jesuitas chilenos debieron acomodarse lejos de España porque las Iglesias y conventos de la Compañía en la madre patria estaban repletos con los exiliados de ultramar.
La delegación chilena decide viajar a Italia y se instala en Imola. Allí estudia y enseña, aprueba el examen ad gradum, y el 15 de agosto profesa, a los 33 años, solemnemente sus cuatro votos en la Compañía de Jesús. Fue sacerdote de la Compañía sólo diez días porque el 25 de agosto ocurre la disolución canónica de la Compañía. Bajo el edicto Dominus ac redemptor, Juan Ignacio es obligado a dejer de ser jesuita, y en alguna etapa posterior pasó a ser llamado Abate.
Durante su estadía en Italia redactó su obra sobre Chile "Aggio sulla storia naturale del Chili", que entre otras cosas trata detenidamente la flora indígena y las plantas útiles más importantes (Molina 1782). Esta obra fue por mucho tiempo la principal fuente de conocimiento sobre la historia natural de Chile.
Traducida a varios idiomas, durante mucho tiempo fue la obra clásica de donde los europeos obtenían conocimientos zoológicos y también botánicos de Chile; en 1815, a los pocos años en la Academia de Ciencias, lee su polémica obra: "Analogías de los tres Reinos". A los ochenta años publica los dos tomos de sus "Memorie di Storia Naturale".El abate Juan Ignacio Molina es considerado el primer naturalista chileno por su gran contribución al conocimiento inicial de parte importante de la flora y fauna de nuestro país. Oriundo de los campos vecinos a Talca, fue un naturalista distinguido en su época. Estaba muy bien informado sobre los trabajos publicados en Europa sobre flora y fauna de la América hispánica. Había leído los relatos de los viajeros que visitaron Chile y tuvo oportunidad de consultar trabajos inéditos de otros jesuitas como Ovalle, Rosales, Olivares y Vidaurre.
Molina ha sido el precursor de la sistemática de la Historia Natural Chilena, tanto animal como vegetal. Este aspecto es de un efectivo valor científico, ya que fue el primer naturalista nacido en Chile que enfocó la taxonomía de acuerdo con los principios filosóficos de Carlos Linneo.
Para nuestro país su figura fue rescatada por Benjamín Vicuña Mackenna en su viaje a Europa entre 1883 a 1885 ocasión en la que se entrevista dos veces con Alejandro de Humboldt quien le manifesta "vuestro país es bastante conocido en Europa, pues el distinguido Molina arrojó muchas luces sobre él". En 1861 fue inaugurado su monumento, el cual también ha tenido un histórico transitar.
Con su prodigiosa y reconocida inteligencia escribió desde su escritorio la más completa y fascinante Historia Natural y Civil de Chile de su época. Dio a conocer nuestro país en todos sus detalles basado esencialmente en sus recuerdos y fundamentado por sus lecturas y recopilaciones de obras de otros naturalistas de su tiempo. Llegó a ser uno de los sabios más prestigiados de la enseñanza superior italiana. Molina participó con devoción absoluta en la vida universitaria. Enseña, investiga, escribe, participa activamente en la Academia de Ciencias de Bolonia.
Muere de avanzada edad, el 12 de septiembre de 1829, cuando su tierra ya no era parte del Reino de Chile, sino una floreciente República.
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